Le Microbiote intestinal, c'est quoi ?

Nicolas POUTEAU
il y a 1 jour
14 min de lecture

Le Microbiote, c'est quoi ?

Le microbiote intestinal, c'est l'ensemble des micro-organismes vivant dans notre intestin : bactéries, virus, champignons et parasites non pathogènes. Il est principalement localisé dans le côlon, mais aussi, en moindre quantité dans l'intestin grêle (et l'estomac).

On estime qu'il contient entre 10¹² et 10¹⁴ micro-organismes, autant que le nombre de nos cellules. Pour vous donner une idée, le microbiote a un poids estimé d’environ 1 à 2 kg (dépend en partie de votre type d'alimentation). Ce n’est pas rien, n’est-ce pas ?

Le microbiote vit en symbiose avec son hôte (donc nous) : les micro-organismes bénéficient d'un environnement favorable (ils sont nourris, logés, blanchis) et, en retour, ils participent à différentes fonctions utiles à l'organisme, que l'on verra par la suite. Tout comme nos empreinte digitale, le microbiote est propre à chaque individu, d'où la complexité de son étude.

Disclaimer important : Le microbiote intestinal est aujourd'hui l'un des domaines les plus actifs de la recherche biomédicale.

Les chercheurs ont démontré qu'il joue un rôle important dans la digestion, l'immunité et le fonctionnement de l'intestin. En revanche, de nombreux liens observés entre microbiote et maladies restent encore en cours d'étude.

Les scientifiques cherchent actuellement à comprendre :

quels déséquilibres du microbiote participent réellement aux maladies
s'ils sont une cause ou une conséquence des pathologies
comment agir efficacement sur le microbiote pour améliorer la santé

Ainsi, même si le microbiote suscite beaucoup d'espoirs, toutes les applications médicales potentielles ne sont pas encore validées scientifiquement. Il faut donc faire attention aux discours marketing souvent utilisés sur les produits concernant votre flore intestinale (pro/prebiotique ...).

Rôles du microbiote intestinal

Le rôle du microbiote est bien sûr toujours en étude, mais nous savons maintenant qu'il joue un rôle sur les fonctions digestives, métaboliques, immunitaires et aussi neurologiques. Dans notre cas, en nutrition, ce sont les fonctions digestives, métaboliques et immunitaires qui nous intéressent principalement. Je ne développerai donc pas les notions neurologiques ici. Si vous êtes curieux, vous pouvez les trouver sur le site de Inserm.

Rôle du microbiote sur la fonction digestive

Les bactéries du microbiote ont un avantage certain car elles sont en capacité de fermenter, de dégrader ou encore de faciliter l'assimilation de nutriments plus compliqués à attaquer pour nos enzymes digestives.

rôle du microbiote intestinal — Fonction digestive du Microbiote

Elles peuvent notamment utiliser les fibres alimentaires, glucides impossibles à digérer sans leur intervention, et hydrolyser (décomposer avec de l'eau) l'amidon, la cellulose et d'autres polysaccharides, permettant donc une meilleure utilisation énergétique pour notre organisme.

Le microbiote est donc un outil de plus pour nous aider à tirer un maximum de profit de notre alimentation et faciliter la digestion dans son ensemble.

En bonus ! Et sacré bonus d'ailleurs, les bactéries participent à la synthèse de vitamines et d'acides aminés essentiels, complétant donc nos besoins nutritionnels, avec en particulier des vitamines du groupe B (B1, B2, B8, B9, B12) et la vitamine K, ainsi que la valine, la leucine et l'isoleucine (acides aminés responsables, entre autres, de la réparation musculaire, de l'oxygénation, etc.).

Rôle du microbiote sur le métabolisme

Le microbiote participe à plusieurs mécanismes métaboliques importants comme l'absorption des acides gras, du calcium ou encore du magnésium, mais nous ne connaissons pas encore toutes les ficelles de ce mécanisme.

Ce qui est par contre maintenant établi, et comme vu plus haut, c'est son rôle dans le métabolisme énergétique via son action sur la digestion.

Où en sont les recherches sur le microbiote et le métabolisme ?

On recherche actuellement si le microbiote peut influencer, et à quel degré, le stockage des graisses, la régulation de l'appétit, la sensibilité à l'insuline, le diabète de type 2, l'obésité et les maladies cardiovasculaires.

Il existe un constat : une altération du microbiote se retrouve dans ces diverses pathologies et fonctions du corps. Mais est-ce que le microbiote provoque ces dysfonctionnements ou est-ce l'inverse ? Pour le moment, on ne sait pas !

Rôle du microbiote sur le système immunitaire

Un microbiote, ça s’éduque, ça se cultive et ça s’entretient. La base de celui-ci provient directement de la mère, via l’accouchement, où le nouveau-né sera en contact avec la flore vaginale et fécale lors d’un accouchement par voie basse, et sinon via les micro-organismes environnants si cela se passe par césarienne.

Par la suite, sur les premières années de la vie de l’enfant, on observe une évolution de cette flore de base transmise, qui va s’étoffer via la diversification alimentaire (mais aussi via le niveau d’hygiène, les traitements, l’environnement ou encore la génétique de l’enfant). Une fois acquise, ce “starter pack” restera plutôt stable.

Microbiote et fonction immunitaire — Vulgarisation des rôles du microbiote sur la réponse immunitaire

Il peut toutefois être impacté par les fluctuations hormonales, d’éventuels traitements médicamenteux comme les antibiotiques, ou encore par l’évolution de l’hygiène de vie et de la nutrition. Stable, mais selon les cas pas si invulnérable ! On verra par la suite comment s’en occuper correctement.

Tout ça pour dire que l’acquisition de ce microbiote au fur et à mesure des années permet d’éduquer le corps à la reconnaissance de quelles bactéries sont bénéfiques et quels agents peuvent être pathogènes.

De plus, cette population permet également d’empêcher l’installation de micro-organismes indésirables par phénomène de compétition ou encore directement via des substances pouvant les détruire (exemple avec Escherichia coli).

Le microbiote agit comme une seconde police indirect, un second rempart allié de notre système immunitaire classique.

Si on résume : les rôles majeurs du microbiote actuellement connus sont :

Contribution à la digestion, à l’assimilation du bol alimentaire et à la synthèse des vitamines B, K et des acides aminés essentiels
Contribution au métabolisme des graisses, du calcium et du magnésium
Contribution à la régulation et à la reconnaissance des micro-organismes pathogènes : barrière intestinale

Plutôt utile, n’est-ce pas ? D’où la symbiose avec notre organisme ! Et actuellement, il nous cache encore plein de choses.

Composition du microbiote intestinal

Bien que l'on parle beaucoup de bactéries depuis le début de cet article, il ne faut pas oublier que le microbiote est un grand écosystème regroupant :

Des bactéries (160 espèces différentes en moyenne chez un individu sain. On a relevé un socle commun de seulement 15 à 20 espèces parmi les humains, mais le reste est propre à chacun, comme une empreinte digitale.)

Pour les plus curieux voici quelques exemples en tableau

Bactérie	Rôle principal connu
Faecalibacterium prausnitzii Très fréquent	Production de butyrate (AGCC), soutien de la muqueuse intestinale, effets anti-inflammatoires
Bifidobacterium spp. Très fréquent	Fermentation des glucides, production d'acides organiques, développement du microbiote du nourrisson
Bacteroides spp. Très fréquent	Dégradation des fibres et polysaccharides complexes
Escherichia coli (souches commensales) Très fréquent	Effet barrière contre certains pathogènes, compétition bactérienne
Akkermansia muciniphila Fréquent	Utilisation du mucus intestinal, lien avec l'intégrité de la barrière intestinale
Roseburia spp. Fréquent	Production de butyrate
Eubacterium rectale Fréquent	Production de butyrate
Ruminococcus spp. Fréquent	Dégradation de certaines fibres végétales
Prevotella spp. Fréquent	Dégradation de glucides complexes et fibres
Lactobacillus spp. Variable	Fermentation des glucides, production d'acide lactique

Des virus, qui peuvent par ailleurs modifier l'expression et le patrimoine génétique de nos bactéries. Ce "virome", comme l'Inserm le nomme, reste également une piste à explorer pour le futur. Note à savoir : la grande partie des virus intestinaux sont des bactériophages, donc ils s'attaquent aux bactéries, ce qui semble favoriser la régulation, la diversité et l'équilibre de la flore bactérienne. Ils ne sont pas tout à fait en symbiose avec nous-mêmes comme les bactéries directement, mais on pourrait leur accorder un rôle "écologique".

Des champignons et levures. Le principal qui peut être problématique s'il prolifère, c'est Candida albicans, qui peut déboucher, en fonction des cas, sur une candidose. Mais même si ce champignon reste présent chez bon nombre de personnes, il n'est nullement délétère tant qu'il ne prend pas trop de place ! Comme dans l'assiette, le microbiote c'est aussi un équilibre à gérer ! D'autres levures semblent interagir avec le système immunitaire et participeraient donc à l'équilibre du microbiote.

Des parasites non pathogènes (amibes ou protozoaires) qui sont plutôt des locataires sans intérêt particulier pour nous, au vu des connaissances actuelles. Donc eux, on les héberge gratuitement.

Microbiote et Pathologie : Dysbiose

La dysbiose c'est quoi ?

La dysbiose, c'est une altération qualitative, quantitative et/ou fonctionnelle du microbiote intestinal. En gros comme expliqué auparavant, le microbiote est propre à chacun mais certains vecteurs peuvent l'altérer et modifier sa structure primaire.

Cette dysbiose est une piste sérieuse en cours de recherche afin de déterminer si elle est une des causes du déclenchement de pathologies ou juste une résultante de celle-ci.

La dysbiose pourrait donc avoir une action sur :

Les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), car elles sont associées à une activation inappropriée du système immunitaire de l'intestin.
L'inflammation chronique : suspectée lorsque la perméabilité intestinale augmente, donc que la barrière intestinale diminue, pouvant entraîner un passage des bactéries vers la circulation sanguine et créer une inflammation localisée.
Obésité, altération du métabolisme et maladies cardiovasculaires : toujours en recherche.
Certains cancers, comme le cancer gastrique via Helicobacter pylori, ou des mécanismes de dysbiose associés au développement tumoral.
Maladies neurodégénératives et psychiatriques en cours d'exploration.

Concrètement, on voit de mieux en mieux les éventuels liens entre une dysbiose et ces pathologies, mais il faudra encore plus de temps à la recherche avant de valider ces hypothèses et, par la suite, trouver des solutions adaptées.

Quelles sont les causes éventuelles d'une Dysbiose ?

Facteurs alimentaires : manque de fibres (prébiotiques : nourriture pour les bactéries), manque de protéine, déséquilibre alimentaire (alimentation trop sucré, trop riche en graisse), surconsommation de produits ultra-transformés, régimes restrictifs...
Modification de l'hygiène corporelle et alimentaire.
Modification du rythme de vie, et de l'activité physique.
Fluctuation des hormones sexuelles.
Événement infectieux comme une gastro-entérite, qui peut, malgré un traitement, modifier de façon durable la composition bactérienne.
Traitements médicamenteux, comme les antibiotiques, connus pour leur effet « Kärcher » sur le microbiote par exemple.

Solutions prometteuses

La transplantation fécale, donc l'utilisation d'un microbiote sain pris sur les selles d'un hôte et transplanté dans le patient atteint, obtient des résultats prometteurs dans les maladies où la dysbiose a une place importante. Par exemple, il s'agit maintenant d'un traitement de routine pour les infections récidivantes à Clostridium difficile, mais peut-être également intéressant chez les personnes touchées par les MICI. Pas très charmant, mais prometteur !

Les probiotiques de nouvelle génération ou encore des "postbiotiques" (directement tirés de métabolites bactériens) sont actuellement en études.

On notera que les probiotiques "conventionnels" actuellement en vente, issus de produits fermentés, n'ont pas été concluants. On fera également attention, certes aux probiotiques mais aussi aux prébiotiques (nourriture à bactéries) mis en vente libre, car ils sont considérés comme compléments alimentaires et non comme médicaments. Par conséquent, ils ne sont pas soumis aux mêmes obligations d'essais cliniques, donc à ce jour il n'y a aucune donnée solide qui permet d'établir leur efficacité, et ils peuvent même être délétères en fonction des individus. La médecine reste donc prudente sur leur utilisation et les déconseille vivement sans avis médical.

Faire analyser son microbiote intestinal ?

Certains laboratoires proposent des tests du microbiote intestinal à partir d’un échantillon de selles, jouant donc sur notre corde sensible : “l’envie de savoir”. Mais leurs résultats restent peu fiables, c’est pourquoi de nombreux médecins les déconseillent formellement.

En plus, on le rappelle, mais il n’existe à ce jour aucun seuil clairement défini permettant de déterminer un microbiote sain ou déséquilibré : ce qui est normal, on ne connaît déjà pas toutes les bactéries présentes ni leur fonctionnement, il serait utopique de prétendre faire un diagnostic à l’heure actuelle avec ce genre de tests. Un microbiote A peut être délétère chez l’individu A mais sans conséquence chez l’individu B.

Conclusion : non, ce n’est pas utile de faire analyser son microbiote. Une expertise médicale ou une analyse alimentaire concrète de vos habitudes sera nettement plus pertinente.

Microbiote : Solutions nutritionnelles et prévention

Comment prendre soin de son microbiote ? Comme nous l'avons vu précédemment, le microbiote reste un atout pour notre corps et notre santé, il faut donc faire également notre part du marché en le nourrissant convenablement et en lui offrant un milieu propice à son épanouissement. Pour cela il faudra donc s'intéresser à :

I - Les Fibres et équilibre nutritionnelle (Socle de base)

Un élément crucial pour le nourrir a été montré : ce sont les fibres !

Une bonne variété et une quantité de fibres sera primordiale au bon fonctionnement du microbiote mais aussi du transit naturellement.

Les fibres c'est quoi ?

Les fibres alimentaires sont essentiellement des glucides présents dans les aliments d’origine végétale que l’organisme humain ne digère pas (ou très peu), car on n’a pas les outils pour dans notre intestin grêle (enzymes) !

Elles arrivent donc intactes dans le côlon, où elles sont partiellement ou totalement fermentées par le microbiote. Permettant donc son action et son entretien.

On distingue principalement :

Fibres solubles : elles se dissolvent dans l’eau et forment un gel (ex : pectines, bêta-glucanes). Elles ralentissent la digestion et peuvent aider à réguler la glycémie et le cholestérol.
Fibres insolubles : elles ne se dissolvent pas dans l’eau (ex : cellulose, lignine). Elles augmentent le volume des selles et facilitent le transit intestinal.

Une troisième catégorie pourrait ici être pertinente : ce sont les fibres prébiotiques, qui nourrissent spécifiquement certaines bactéries comme l’inuline, les FOS et les GOS, mais on parlera des prébiotiques plus en détail par la suite.

https://www.youtube.com/watch?v=OCdpY9GQlto

Aliments riches en fibres

Les fibres seront présentes dans tous les aliments du domaine végétal en plus ou moins grande quantité bien sûr. Donc vous les retrouverez dans les fruits, les légumes, les légumineuses, les produits céréaliers classiques et complets ou encore dans les oléagineux.

Chaque groupe d’aliments ou même chaque aliment aura des fibres plus ou moins différentes, qui interagiront avec différentes sortes de bactéries du microbiote, d’où l’importance de varier vos fruits et légumes du quotidien et pourquoi pas d’incorporer des légumineuses, produits complets et oléagineux s’ils ne sont pas déjà présents.

Je ne vais pas ici vous faire un grand tableau sur quels aliments contiennent le plus de fibres afin de ne pas orienter vos choix ! Car je le rappelle il faut en plus de la quantité demandée les VARIER !

Je vais vous mettre par contre un ordre de grandeur pour chacun des grands groupes alimentaires avec quelques exemples pour arriver aux recommandations de quantité :

Selon les recommandations, une consommation entre 25 et 40 g de fibres par jour pour les adultes reste un objectif faisable et permet d’assurer une quantité suffisante.

Par contre, comme expliqué, la variété des fibres reste également importante. Il faut se représenter, vulgairement parlant, que chaque groupe de bactéries a ses fibres préférées ! Donc bien varier vos fruits, légumes, produits céréaliers, oléagineux au quotidien sera important !

Les recommandations officielles pour les fibres restent simples :

Fruits et légumes à chaque repas / encas, avec une prévalence des légumes. Une alternance crus et cuits peut être intéressante. (Au moins 5 portions par jour : rappel une portion = 80 à 100 g d’aliments)
Pains/Produits céréaliers (féculents) à chaque repas et en quantité selon l’appétit, avec si possible une inclusion des céréales complètes. Et bien sûr on varie les sources, on ne mange pas que des pâtes si possible !
Légumineuses : à ajouter progressivement à l’alimentation avec un objectif d’au moins deux repas par semaine les comprenant. (Si vous n’avez pas l’habitude d’en consommer, allez-y progressivement car une surconsommation d’un coup peut provoquer des symptômes digestifs)
Fruits oléagineux (recommandé mais sans obligation) : une petite poignée par jour, de préférence nature, pouvant être incorporée aux céréales du matin par exemple.

Pour l'équilibre alimentaire total si tu veux en savoir plus, n’hésite pas à regarder la vidéo sur le sujet, juste ici qui sera plus parlante qu'un long texte !

https://www.youtube.com/watch?v=itiZluPyAho

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II - Limiter les perturbations nuisibles pour le Microbiote

Maintenant que l’on sait le nourrir convenablement, il sera intéressant de travailler sur la limitation des éléments pouvant nuire à son bon développement et épanouissement. Bon nombre d’éléments seront donc à fuir ou à limiter afin de préserver cet écosystème dans la mesure du possible, bien évidemment, comme :

Alimentation ultra-transformée : une consommation élevée d’aliments ultra-transformés, riches en sucres et en additifs alimentaires, encourage une prolifération de bactéries moins favorables à l’équilibre intestinal. Il sera donc important dans un premier temps de prendre conscience de la quantité actuelle présente dans votre quotidien alimentaire, et d'éventuellement les diminuer si ils sont trop présents.

Alimentation pauvre en fibres, insuffisante, peu diversifiée ou restrictive, peuvent diminuer la diversité bactérienne ou la modifier, donc référez-vous aux recommandations alimentaires ci-avant.

Consommation excessive d’alcool : en cas de consommation chronique (quotidienne) ou importante, l’alcool peut altérer le microbiote et augmenter la perméabilité intestinale, augmentant donc le risque inflammatoire. Mais pas de panique en cas de consommation raisonnable, les données ne montrent pas d’interaction claire actuellement, référez-vous aux consignes de la quantité d’alcool recommandée (cf. vidéo équilibre alimentaire).

La prise d’antibiotiques : les antibiotiques, surtout pris en forte dose ou en doses répétées, impactent fortement le microbiote intestinal, et certaines modifications peuvent encore persister après le traitement. Il sera donc important de les utiliser avec vigilance.

D’autres facteurs restent à l’étude et semblent potentiellement impliqués dans une altération du microbiote comme : le stress chronique, le manque de sommeil, la sédentarité, les maladies chroniques, le vieillissement général, ou encore le tabac, les édulcorants, émulsifiants et additifs (encore en étude).

Note : le principal ennemi du microbiote n’est probablement pas un aliment unique mais plutôt l’accumulation de plusieurs facteurs : alimentation pauvre en fibres, consommation importante d’aliments ultra-transformés, tabac, alcool excessif, sédentarité et usage répété d’antibiotiques. À l’inverse, une alimentation variée riche en végétaux semble favoriser un microbiote plus diversifié.

III - Les pistes thérapeutiques en cours d’étude

Aliments fermentés & probiotiques :

Les aliments fermentés contenant eux-mêmes des bactéries pourraient être pertinents pour renforcer et enrichir le microbiote intestinal de base. Ils sont présents dans de nombreux aliments comme : les yaourts, le kéfir, certains fromages, tempeh, miso, choucroute fermentée, kimchi, le kombucha, le pain au levain... Bref, tous les aliments fermentés.

Chacun d’entre eux apporte son lot de bactéries, moisissures, levures qui seront susceptibles d’interagir avec votre microbiote, mais comme tout probiotique, leurs effets exacts sur la santé restent encore à étudier !

Rappel : le CERIN indique que les probiotiques (présents dans les compléments alimentaires ou les produits fermentés du quotidien) peuvent certes interagir de façon bénéfique avec l’organisme et le microbiote mais ne le modifient pas durablement.

Les études actuelles ne permettent pas d’affirmer que les probiotiques sont utiles pour tout le monde ou pour toutes les maladies. Il faudra donc encore du recul pour les utiliser spécifiquement.

Les Postbiotiques

Petit rappel : les postbiotiques correspondent aux substances produites par les micro-organismes du microbiote, comme certains métabolites ou composants bactériens, susceptibles d’exercer des effets sur l’organisme. Contrairement aux probiotiques, ils ne contiennent pas de micro-organismes vivants. L’INSERM les cite parmi les nouvelles stratégies visant à agir sur le microbiote intestinal. L’idée est de bénéficier des effets potentiellement favorables des bactéries sans administrer directement de micro-organismes vivants : on utiliserait uniquement les substances bénéfiques qu’elles nous transmettent (métabolites). Cependant, leurs mécanismes d’action, leurs indications et leurs bénéfices cliniques restent encore largement étudiés, et de nombreuses questions restent en suspens avant une utilisation plus large en pratique médicale.

La transplantation fécale :

Sujet charmant, la transplantation de microbiote fécal consiste à transférer le microbiote intestinal d’un donneur sain vers un patient afin de restaurer un écosystème intestinal perturbé. Son efficacité est aujourd’hui bien établie dans certaines infections récidivantes à Clostridium difficile, mais de nombreuses recherches évaluent son intérêt potentiel dans d’autres maladies liées au microbiote, en particulier pour les MICI vues précédemment. Ces applications restent encore en cours d’étude et les mécanismes ainsi que les indications doivent être mieux définis avant la mise en place dans des protocoles d’action grand public.

Beaucoup de belles pistes potentiellement salvatrices pour le public fortement atteint de déséquilibre du microbiote. Mais en attendant, on le rappelle, les recommandations officielles sur la nutrition restent l’approche la plus solide scientifiquement montrée pour soutenir votre microbiote au quotidien.

Conclusion sur le Microbiote :

Au final, le microbiote intestinal est bien plus qu’un simple “complément” de notre digestion : c’est un écosystème vivant, complexe et unique, qui interagit en permanence avec notre alimentation et notre organisme.

On a aujourd’hui suffisamment de données pour affirmer qu’il participe à des fonctions essentielles comme la digestion des fibres, la production de certaines vitamines, et la protection contre les agents pathogènes. Mais dès qu’on sort de ces fonctions bien établies, la science avance encore à petits pas : beaucoup de liens avec le métabolisme, l’immunité ou certaines maladies restent en cours d’exploration, sans réponse définitive.

C’est justement là qu’il faut garder une vision simple : le microbiote n’est ni un organe “magique”, ni une solution miracle. Il est surtout le reflet de notre mode de vie, et notamment de notre alimentation. Une alimentation riche en végétaux, variée, suffisamment riche en fibres, associée à une hygiène de vie globale équilibrée, reste aujourd’hui le levier le plus solide pour le soutenir.

À l’inverse, les excès répétés (ultra-transformés, alcool, antibiotiques non justifiés, manque de diversité alimentaire, etc.) peuvent le fragiliser, même si les mécanismes précis ne sont pas encore totalement élucidés.

Enfin, il est important de rester prudent face aux promesses trop rapides autour des probiotiques, prébiotiques ou tests du microbiote. La recherche ouvre des pistes très intéressantes — postbiotiques, transplantation fécale, nouvelles approches thérapeutiques — mais elles restent encore loin d’une application généralisée.

En résumé, on sait déjà que le microbiote compte… mais on est encore loin d’avoir compris tout ce qu’il nous dit.

Merci à vous d'avoir lu cet article.

Auteur : Pouteau Nicolas / Diététicien Nutritionniste sur Orléans (Saint-jean-le-blanc)

Source bibliographique :

► Institut national de la santé et de la recherche médicale. (s.d.). Microbiote intestinal : flore intestinale. INSERM. Consulté le 23 juin 2026.

► Centre national de la recherche scientifique. (s.d.). Microbiote : des bactéries qui nous veulent du bien. Le Journal du CNRS. Consulté le 23 juin 2026.

► Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement. (s.d.). Microbiote : un monde de micro-organismes au cœur de notre santé. INRAE. Consulté le 23 juin 2026.

► Savage, D. C. (1988). Gastrointestinal microflora in mammalian nutrition. Annual Review of Nutrition, 8, 31-48.

► Centre de Recherche et d'Information Nutritionnelles. (s.d.). Microbiote et probiotiques. CERIN. Consulté le 23 juin 2026.